佛慈制药研究院历年来承担重大项目若干，其中包括甘肃省科技专项、甘肃省中医药管理局科研立项课题、国家战略性新兴产业项目、省重大科技项目、国家“十二五”科技重大专项、兰州市人才创新项目等。
| 2018年至2020年，承担兰州市重点人才项目“中药经典名方关键技术研究创新人才队伍建设”，促进中药经典名方制剂的开发，推进中医药人才队伍建设，促进产业发展。 |
| 2019年至2020年承担并完成国家药典委员会中药标准提升项目——桂附地黄丸质量标准提升工作。 |
| 2019年，完成陇马陆、竹叶椒、竹叶柴胡、笔管草、人参须、动物大肠6个品种甘肃省中藏药材质量标准研究制定工作。 |
| 2018年承担甘肃省中医药管理局项目，通过中药配方颗粒开发项目，公司被甘肃省卫生和计划生育委员会、甘肃省食品药品监督管理局、甘肃省工业和信息化委员会认定为甘肃省首批中药配方颗粒科研项目单位。 |
| 2016年至2019年国家发展改革委办公厅新兴产业重大工程包中药标准化项目“大黄等6种中药饮片标准化建设”项目，制定相关标准86项。 |
| 2015年至2018年，完成省重大科技项目“疏乳消块胶囊的开发”，取得临床研究批件。 |
| 2014年至2017年，完成省中医药管理局科研专项“中药经典名方配方颗粒剂的研究与开发”，充分利用陇药资源，提高陇药产品附加值与创新发展。 |
| 2013年至2015年，完成省重大科技项目“优势特色陇药柴胡规范化种植基地建设”，推动产业健康发展。 |
| 2011年至2015年，完成国家“十二五”科技支撑项目“当归规范化种植基地优化升级及系列产品开发”，促进了佛慈当归药源基地标准化建设与基地优化升级。 |
| 2011年至2015年，完成发改委战略性新兴产业项目“现代中药新药舒肝消积丸、花百胶囊高新技术产业化示范工程”，促进了产品产业化转化与规范化生产，提高了市场竞争力。 |
| 2010年至2013年，完成省重大科技项目“益气通痹胶囊新药开发”，获得SFDA新药临床批件。 |
| 2010年至2012年，完成省重大科技项目“补肾名方苁黄补肾丸二次开发”，促进了老产品的二次开发与技术提升。 |
| 2010年至2012年，商务部中华老字号扶助专项“佛慈品牌创新与提升、传统技艺保护和技术改造”通过验收，该项目更好地促进了企业品牌文化建设与产品生产技术的提升。 |
| 2009年至2012年，完成省工信委技术创新项目“中药新药益气通痹胶囊临床前研究”，取得新药临床研究批件。 |
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